生物質鍋爐配套除塵器應充分考慮考慮粉塵的特性、煙氣的性質和運行工況等因素，如生物質鍋爐燃燒粉塵粒徑小，質量輕，旋風除塵器收塵效率就非常低，有些生物質鍋爐燃燒并不完全，煙塵都為質量較輕的憎水性炭灰顆粒物，常用的水膜除塵器無法有效洗滌下來，另外這些未完全燃燒、質量較輕的低比電阻粉塵，采用電除塵器除塵效果也不理想，容易二次逃逸，電場內部還特別容易火花引燃，這些除塵方式排放的煙塵濃度與林格曼度很不穩定，煙色排放均超標比較嚴重，正被逐步淘汰，所以大部分生物質鍋爐常用的除塵方式主要還是采用袋式除塵。
目前生物質鍋爐布袋除塵器的缺點就是濾袋損壞率高，壽命有限，每年運行維護成本較高，如一些小企業小生物質鍋爐，平時開開停停，負荷忽大忽小，操作工責任心有限，經常出現200度左右的排煙溫度，這些小鍋爐特別容易出現燒袋事故，另外布袋除塵在一些特殊生物質鍋爐并不適用，如家具行業燃木塊、鋸末鍋爐，制糖行業燃甘蔗渣鍋爐，南方燃竹屑、木屑鍋爐，還有大米加工業燃稻谷殼鍋爐等等，這種特殊的生物質鍋爐燃料有些水分大，很多生物質鍋爐含氧量高達15%以上，布袋濾料容易水解或氧化，壽命極短，有些生物質鍋爐粉塵微細，且易夾帶未充分燃燒的細小塊狀物和碳化物，易發生二次燃燒，也不適合布袋除塵，有的生物質燃料含碳黑含酸氣比較高，布袋除塵黏袋和腐蝕還是比較嚴重?？偟膩碚f，目前盡管在布袋除塵器前普遍增設多管旋風除塵作為保護措施，但還是完全沒有解決這些特殊生物質鍋爐布袋除塵裝置容易破袋、燒袋、壽命短的難題。
